在不同情况下，处理4000万元案件的诉讼费用的具体操作如下：
1. 若案件性质为财产案件，且诉讼标的额为4000万元，则应根据我国法律规定的比例分段累计交纳诉讼费用。具体操作是：首先确定各分段金额，然后按照相应比例计算各分段应交纳的诉讼费用，最后将所有分段应交纳的诉讼费用相加得出总费用。
2. 若案件涉及其他费用（如申请费、勘验费、鉴定费等），则应根据实际情况由当事人负担。这些费用可能因案件具体情况而异，因此建议在计算诉讼费用时一并考虑。
3. 若在诉讼费用交纳过程中存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或法院工作人员，以确保诉讼费用的正确交纳和案件的顺利进行。同时，也应注意保留相关证据和文件，以备后续可能需要使用。
